2017年6月，科睿唯安（原汤森路透知识产权与科技事业部）公布了2016版《期刊引证报告》，昆明植物研究所主办的《真菌多样性》（英文）最新影响因子为13.465，与2015年度的6.991相比，实现了历史新高。

据了解，2011 年 3 月，中科院昆明植物研究所与泰国菌类研究基金会主任、《真菌多样性》（英文）期刊创刊人 K. D. Hyde 教授签署合作协议，从此《真菌多样性》成为该所正式官方期刊。7年来，稳步推进，使得该期刊影响因子逐年上升，在全球真菌学领域期刊中排名第二，在中国相关学术机构主办的全部188种SCI期刊中排名第三。

中科院昆明植物所在真菌特别是高等真菌的基础研究和应用基础研究领域有较好的积累，建立了我国第二大真菌标本馆，在真菌系统学、真菌化学、真菌资源开发利用等领域，取得了一系列重要创新成果。通过与国外专家和科学期刊团队合作，培育打造了真菌学界的领军期刊《真菌多样性》。

《真菌多样性》期刊的宗旨和定位是：发表真菌学科高水平的创新性研究成果，特别是在真菌多样性、系统学、分子系统发育及进化等方面的重要原创性研究论文，促进真菌学的发展和国际学术交流。