作者:孟凌霄 来源:科学网微信公号 发布时间:2022/1/11 21:13:36
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因为这个新的命名规则,微生物学界吵起来了!

 

作者|孟凌霄

如果一夜之间,你的研究对象纷纷改名换姓,甚至有了新的分类,写起实验报告和论文,你会不会有些犯难?

微生物学家们正面临这样的问题。

近日,美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)宣布,将更新其对42个细菌和古细菌“门”的分类和命名方式。

具体而言,新的门系命名规则要求,目前所有的“门”都必须有一个以后缀“-ota”结尾的拉丁名称,并且“门”的名称应该取自该门内的一个属。

此前,原核生物的命名法规中将“门”这一分类标准排除在外。

随着微生物学家们探索的深入,此前一直使用的名称和分类方法已经过时。在相当长的一段时间里,特定生物体发现者建议的俗名占据上风,创造了非官方门名称的大杂烩。

原核生物新命名和分类应运而生,这一改变自然有助于科学标准化。

但对于一线微生物研究者而言,培养皿中熟悉的小伙伴们忽然换了名字,实在免不了麻烦。

做研究,连续性大于标准化?

这场命名和分类新法则始一出台,便在微生物界引起轩然大波。

不少研究人员在社交平台发起讨论,并把细菌和古细菌拟人化,通过表情包模因进行“集体哀悼”。因为对许多微生物学家而言,新分类和命名不仅代表着称呼变化,更可能导致过往研究与当下研究的脱节。

田纳西大学诺克斯维尔分校的微生物学家Karen Lloyd认为,这些“戏剧性”的分类和命名将使研究变得更加困难。它不仅破坏改名前后论文的连续性,还可能威胁到科学家的工作能力。对她而言,连续性胜过标准化。

佐治亚理工学院的环境工程师 Ameet Pinto也表示,需要适应新的命名、分类方法,确实会给研究带来不便。

隐忧不止于研究不便,还有实践中的安全隐患。Lloyd提出,在疾病研究、基础设施维护、食品安全等应用领域中,如果当下使用的微生物名称与文件中的名称不同,可能会造成安全隐患。

短期头痛,能带来长期好处

不过,也有不少微生物学家们点赞这次原核生物界的“大洗牌”。

参与此次原核生物命名法规制定的密歇根州立大学微生物学家Garrity认为,这是原核生物改名的重大尝试。他把原核生物改名比作字典条目的变动,“有多少人对字典条目感到不安?”

Garrity补充说,如果科学家“希望他们的名字有价值,他们就必须遵守规则。不要抱怨。学习规则、玩游戏。”

也有声音认为,这一变化正标志着科学家们对微生物的理解不断进步。内华达大学拉斯维加斯分校的微生物学家Brian Hedlund表示,“我们不应该期望分类和名称是稳定的,如果它们稳定,则意味着我们了解一切——而我们就是不了解。”

国际原核生物系统学委员主席、诺森比亚大学微生物学家Iain Sutcliffe则表示,科学始终向前发展,如同一张模糊的图片渐渐聚焦,而大家会很快适应新的命名方式。

改名的漫长征程

也许这场“规范化”来得太迟了。

委员主席Sutcliffe认为,“门”这一分类的滞后是由于历史局限造成的,命名法典首次起草于1936年,当时已知的原核生物极少,有限的技术还不足以识别细菌世界巨大的多样性。

上世纪80年代前,科学家们通过形态学和培养特性对原核生物进行分类,这种趋化分析的方式很快向遗传学分类转变。借助16S rDNA序列技术,科学家们能从单个物种层面识别和区分细菌,这是对当时分类技术和分类学概念的突破。

更名也需要国际原核生物系统学委员会通过。这是一个由微生物学家和分类学专家组成的组织,他们负责维护国际原核生物命名法规。

2015年,委员会的科学家们在该组织的官方期刊《国际系统与进化微生物学杂志》上发表论文,提议将“门”纳入原核生物的命名法规中,并建立一个新系统。几经修改,2021 年 2 月,改名问题被提交给委员会投票,最终以19:2获得通过。

如今,微生物学正处于“第二次革命”,随着全基因检测方法的进步,传统的微生物分类标准也显得过时。微生物学的未来比过去要长得多。但问题在于,当前基因检测是否能保持分类黄金标准的地位,而新技术是否会在遥远的未来取而代之?

正如沙漠研究所分子生态学家Alison Murray总结的,“我们需要一种语言来传达地球上生命的多样性,适应这些变化同样是科学史的一部分。”

参考资料

[1] Newly Renamed Prokaryote Phyla Cause Uproar

https://www.the-scientist.com/news-opinion/newly-renamed-prokaryote-phyla-cause-uproar-69578

[2] NCBI Taxonomy to include phylum rank in taxonomic names

https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2021/12/10/ncbi-taxonomy-prokaryote-phyla-added/

[3] Researchers Propose Automating the Naming of Novel Microbes

https://www.the-scientist.com/notebook/researchers-propose-automating-the-naming-of-novel-microbes--68411

[4] Oren A, Garrity GM. Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes. Int J Syst Evol Microbiol. 2021 Oct;71(10). doi: 10.1099/ijsem.0.005056. PMID: 34694987.

[5] Oren A, Arahal DR, Rosselló-Móra R, Sutcliffe IC, Moore ERB. Emendation of Rules 5b, 8, 15 and 22 of the International Code of Nomenclature of Prokaryotes to include the rank of phylum. Int J Syst Evol Microbiol. 2021 Jun;71(6). doi: 10.1099/ijsem.0.004851. PMID: 34161220.

[6]孙长贵,杨燕,成军.细菌分类名称的变化[J].临床检验杂志,2012,30(01):6-9.DOI:10.13602/j.cnki.jcls.2012.01.005.

 
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