据教育部部长助理林蕙青介绍，原有的《专业目录》制定于1998年，由于新专业不断涌现，到今年，目录外专业已达到386种，占现有专业总数的60.78%。新版《目录》中，学科门类由原有的11个增加到12个，新增了艺术学门类；专业门类由原来的73个增加到92个；专业总数则由635种减少到506种，调整了部分专业的所属学科，整合、拆分、撤销、新增、更名了一批专业，使其尽可能与研究生专业目录一致。
在专业设置上，新版《目录》最大的特点是将专业划分为352种基本专业和154种特设专业。基本专业是学科基础比较成熟、社会需求相对稳定、布点数量相对较多、继承性较好的专业；特设专业是针对不同高校的办学特色，或适应近年来人才培养特殊需求设置的专业。
教育部高等教育司综合处处长韩筠解释说，特设专业就是根据市场需求设置专业的平台，近年来，各高校根据办学特色和市场需求设置了一批专业，经过实践检验有其存在的合理性，但是布点不那么多。对基本专业和特设专业将实行两种管理方式，基本专业每5年调整一次，相对稳定；特设专业处于动态，每年都需向社会公布。如果特设专业发展成熟，就会成为基本专业；如果办不下去，则将退出特设专业名单。
新版《普通高等学校本科专业设置管理规定》则给予高校自主设置专业的权力。今后，教育部将只对62种国家控制布点专业和尚未列入目录的新专业进行审批，其余的506个专业都可由高校自主设置，不需进行审批。本科专业目录修订综合组组长、上海交通大学原常务副校长叶取源认为：“在这种制度下，高校要设置专业，最需要做的就是创造办学条件。高校完全不必担心‘过了这村没这店’，只要安安静静地创造师资、实验室、课程和经费投入等办学条件，就没有任何问题。”
“改革专业设置真正的意义在于推动下一轮的高校教学改革，要求高校依据新的《目录》，重新设定下一步的发展规划，修订人才培养方案和教学计划，改变以往的‘重申报，轻建设’现象。”林蕙青说，国家和各省教育行政主管部门还要有计划、有步骤地对高校设置的本科专业进行质量认证和评估，并在工程、医学等领域，加快实施与国际实质等效的专业认证，推动建立本科专业建设质量报告制度。
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