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《财经》杂志2011年第11期封面文章报道，著名高等教育改革家刘道玉、杨福家、朱清时畅谈大学教育制度改革，指出大学独立对大学、社会和国家具有不可或缺的重要意义。《财经》杂志在编者按中一语中的地指出，“不独立，则无大学；无大学，则无大国。再不痛下决心推进大学教育制度改革，积重沉疴很可能令改革成果难以为继，大国强国之路将自弃于半途。”
毋庸讳言，与中国目前面临的所有重要领域关键改革的困难一样，体制是横在我国大学教育改革向前推进——建设现代大学制度——面前的一个重大制度性障碍。它严重困扰和制约了中国从高等教育大国向高等教育强国的迈进。目前我国实行的高等教育体制是承袭苏联的，带有严重的计划经济的色彩：教育部门大权在握，巨细无遗什么都管，部属高等学校更是直接受制于它的家长主义管辖。比如，前不久教育部公布的2011年具有普通高等学历教育招生资格的高等学校名单中，就没有豪言壮语地志在做我国高教改革领头羊的南方科技大学（筹），让高教界和舆论一片哗然、失望，甚至沮丧灰心。本来被各方寄予厚望的南方科技大学（筹），其中的重要一个方面就是去行政化，然而，近日却居然被深圳市公开招聘局级副校长，从而引发社会各界对这所大学的改革前景的强烈质疑。
早在90年前，著名教育家蔡元培先生就发人深省地提出过《教育独立议》（1922年），呼吁政府采取切实的制度性措施，保障大学独立自治。虽然处于现代国家中的世界大学都无法超然于国家政治体制之外，但在各国宪法和国情允许的范围之内，大学往往都有能够积极作为的广阔空间。这也就是为什么我们说，我国大学体制的改革是大有可能的原因之所在。
大学独立，意味着两大方面：对外，大学独立于政府，不惟政府和官员的命是从；对内，大学自治，凡事学术第一，追求卓越。因此，若要实现真正的大学独立，就首先得有教育部放权和转变职能，接着才能有大学自主研制、公布自己的学校宪章并严格按之实施。对于前者而言，套用蔡先生的话说，教育部办理高等学校与中央政府者相关事务，以及其他全国教育统计与报告等事，并不得干涉各大学内部事务。对于后者而言，“大学的事务，都与大学教授作组织的教育委员会主持。大学校长，也由委员会举出。”
目前，教育部仅直接管理大学的司就有三个——高等教育司、直属高校工作司、高校学生司，至于广泛涉及的其他司那就更多了——政策法规司、发展规划司、社会科学司、科学技术司、思想政治工作司、学位管理与研究生教育司等。九龙治水，水是否能治好，是值得商榷的。所以，我国当前的高等教育体制改革，应该先从大力改革行政部门开始。比如，将直接管理高等教育的三司整合，下放权力给各高等学校，释放高校自由自主改革与发展的活力。最终形成“政府的归政府的，大学的归大学的，大学的内部事务独立于政府”。
这样的大学体制改革，显然是顶层设计式的。《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十二个五年规划的建议》中第一次使用“顶层设计”这个新词。在其后的中央经济工作会议上，又明确提出了加强改革顶层设计，在重点领域和关键环节取得突破。中共中央财经领导小组办公室副主任刘鹤指出，有了这个“顶层设计”之后，才能谈得上有相应的其他。当前，加强改革“顶层设计”被认为是现阶段中国解决错综复杂矛盾的重要路径。对于大学体制的改革而言，“顶层设计”同样重要。这意味着，迫切需要大学体制改革的主导者——大学教育体制改革的顶层（中央）精英，首先选定好大学体制改革的理念和方向，然后设计好大学体制改革的具体可行性路径。
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