在中国，方舟子是一个知名度极高的公众人物，他被冠以“打假英雄”、“打假斗士”，他在新浪的微博，“粉丝”高达57万之众，具有强大的影响力。任何一个不带偏见的人都承认，他对学术打假作出过贡献。与此同时，对方舟子本人涉嫌抄袭的指责一天也没有停止，但他始终不承认自己存在任何形式的学术不端行为，并时常为此与学界人士爆发激烈论战，这使得他的形象颇受争议。本着公正客观的立场，法治周末将陆续披露对方舟子涉嫌学术不端行为的调查。
“打假斗士”的另类记录
“他反差很大，双重标准明显——看别人的毛病很清楚，自己的缺陷不觉察。他有洁癖，又不是一个完美的人，活得也不轻松。”中国社科院学者易华对方舟子这样评价说。
正是在这种正反两方的严重争议中，方舟子不时出现在公众视野。而他的每一次出场，都是舆论关注的焦点。
流水的朋友
北京大学哲学系教授刘华杰是最早欢迎方舟子加入国内科普圈子的人之一。1999年，刘华杰在网上采访了方舟子，文章发表在《科学时报》上。他还为方舟子策划并编辑了2000年出版的《方舟在线》一书。
这本国内第一本多学科网上争鸣文集的出版，因为“立场鲜明，立战性强”，使生物化学留美博士方舟子在国内一炮打响。从那以后，刘华杰与方舟子“以志同道合的朋友对待”。
上海交通大学科学史系主任江晓原在给《方舟在线》写的书评中，曾用“少侠登场，劲风扑面”之语隆重推荐。
“在学术腐败愈演愈烈的今天，在我们迫切需要‘学术警察’而‘学术警察’偏偏又极为缺乏的今天，方舟子在大洋彼岸义务为此间充任‘学术警察’，在客观上有什么不好呢？论事专门讲究动机，好作诛心之论，这是封建时代道学家的做法，不是我们今天应该采取的态度。”江晓原写道。
的确，方舟子打假的意义在那时尤为突出。北京师范大学哲学与社会学学院副教授田松说，国内媒体一度将科学家看作“圣人”，对科学家造假噤若寒蝉，只有方“从美利坚空投下来的中文打假”伸张了正义，因此，他对净化学术环境是有贡献的。
2001年，在北京国林风书店举办的方舟子著《溃疡——直面中国学术腐败》新书发布暨读者见面会上，田松与方舟子认识。那时，田松带着欣赏的态度看方舟子，因为他们有着类似的特点——都是理工科出身，又都喜欢舞文弄墨。
当时受到追捧的，还有方舟子等人于1994年创办的世界第一份中文网络读物“新语丝”，该网站在1998年就已经小有名气，吸引了许多科学爱好者和知识分子。
“9·11”事件之后，北京一位学界人士请客，方舟子、刘华杰、清华大学科学技术与社会科学研究所教授刘兵、中国社科院研究院郭正谊等人出席。当天晚上，方在新语丝上称，北京知识界举行晚宴为他接风。田松知道后摇摇头：“我才知道，原来北京还有个知识界。”这件事让田松对方舟子的印象大打折扣。
2001年，《中华读书报》与《科学世界》联合举办的2001年度“科普图书奖”评选时，刘兵推荐了英籍华人侯美婉(Mae-Wan Ho)的《遗传工程：美梦还是噩梦》参加评比，方舟子认为，这是一部站在反科学兼伪科学立场攻击遗传工程的著作，他写了《〈美梦还是噩梦〉不是科普著作》说明观点，这部书最终没能被评为科普佳作。
方舟子在一篇文章中说，他“得罪了想把侯美婉的‘科学女性主义’引进中国的清华大学人文学院教授刘兵”。
那时，清华大学教授赵南元也支持方舟子的结论。刘兵当时的硕士生柯志阳就该书中的一些观点与方舟子和赵南元辩论，平台就是方舟子的“新语丝”。但实际情况是，赵南元批评柯志阳的文章，方舟子马上贴出来，而柯志阳反驳赵南元的文章，方舟子要加上赵南元的点评才肯贴出。
柯志阳对此很不满，他要求方舟子分清几重身份，因为他既是新语丝的老板，又是编辑，又是辩论对手。方舟子则表示，新语丝不给错误观点提供平台，你有本事自己去办一个网站去。“方舟子的行为，让我这个旁观者怒不可遏。”田松说。
这时，田松认识到，新语丝并非一个理性、包容的争论平台，而是属于方舟子自己的阵地。刘兵及其学生与方发生的冲突，让田松对方舟子彻底失望。
田松因此给方舟子写了一封批评信：“做人要公道。己所不欲，勿施与人。你既然以批注的形式发表对手的作品，便该让对手以批注的形式发表你的作品。你既无公道之心，就不配做一个对手。”田松在信中与方舟子“就此别过”。
“美梦与噩梦”事件不断升级，后来刘华杰、田松等人也加入了辩论。方舟子将对方斥为“反科学文化人”，指责刘华杰搞匿名攻击，“由反伪科学走向反科学”。而刘华杰等人指责方舟子用科学的帽子打压人。
这起事件成为刘华杰与方舟子决裂的开端。此前，刘华杰曾公开表示，自己的学术观点与方舟子有了分歧。而方舟子在一篇文章中，称刘华杰一开始与他交往就没安好心。
刘兵认为，刘华杰与方舟子决裂根本上是由于学术立场的差异，"按照方舟子的惯例，他们就不可能有很好的关系"。
10年之后，刘华杰接受《法治周末》记者采访时说，悔不该将方舟子引入国内科学圈："我真的不愿意再谈到这个人。我只能自我检讨，是我交友不慎，我再次向大家道歉。"
知名媒体人鄢烈山相信，方舟子会珍惜自己的信用和得来不易的话语权，若不遵守规则，自会有利益攸关方用包括打官司等方式来纠正他。“言论市场自有净化机制。”鄢说。
刘兵认为，在不同观点并存的情况下，阐述自己的观点，并理解他人观点的合理性，这是学者最基本的态度，方舟子没有做到这一点。
“美梦与噩梦”事件之后，江晓原提出科学圈广为人知的对方舟子的"三不"政策：“不理睬、不接触、不反驳”，后来重新表述为“不骂人、不吵架、不停步”。但有人指出，这几条政策虽然避免了自己被辱骂的可能性，却是对社会不负责的表现。江晓原的"三不政策"后来成了很多人对待方舟子的共同守则，绝口不谈与方有关的事情，避免被卷入风波。
“方舟子很少有自始至终的一直维持下来的朋友。交朋友要有规则，例如要讲理、宽容。”刘兵评价道，“他是一个不太适合当朋友的人。”
打假的程序正义
在方舟子的学术打假生涯中，与著名学者于建嵘教授的冲突，是最引人注目的案例之一。
2005年10月8日，新语丝“新到资料”头条发表署名“严晋”的文章，题目是《学术界罕见的骗局：评于建嵘的成名之路》。作者质疑于建嵘的职称及其调查研究的真实性：“网上有数百篇他的‘当代中国农民的维权活动与政治---2003年12月4日在美国哈佛大学的演讲’。把自己咀嚼了多遍的内容，再以'在哈佛大学的演讲'展现一把，100%出于炒作的心理。”
文章说：“北京一位了解于建嵘的朋友说，于连最基本的英语会话也不懂，是会把'How are you？‘理解成'怎么是你’、把'How old are you？理解成怎么老是你'的水平。所以他要把那些东西讲完估计至少也得三到四个小时，显而易见，他又说了假话。”
第二天，于建嵘的一封《致〈新语丝〉的公开信》出现在新语丝“新到资料”第七条，逐条回应了"严晋"的指控。方舟子还给这封回信加了一个按语：“我在中国社会科学院农村发展研究所的网站见到如下公告，这是不是意味着于建嵘现在又成了‘副研究员’了？还是连本所的人也搞不清楚他究竟是研究员还是副研究员？”
于建嵘被方舟子的冷嘲热讽激怒了。两天后，于建嵘将《写给杂种方舟子的信》发到方舟子的邮箱：“如果你不能就我颂扬的衡阳县维权抗争农民是不是地痞流氓‘作出'判决’，那我就要告诉你，从你乱咬人的性格来看，你是你母亲与严晋这些地痞流氓□□(此处省略两个字-编者注)结下的怪种。”
《南方周末》以“两败俱伤的恶战”形容两人的鏖战，但方舟子对这一说法极为反感："《南方周末》在报道这一事件时，完全没有客观报道的立场，标题就给定了性：'两败俱伤的恶战'，自命裁判宣布：'两个人谁都没有赢得这场恶战和混战。'我还真不明白我在这场'恶战'中败在哪里，伤在何处。如果对我骂娘就能让我败了、伤了，以后谁要想打败、打伤我，可就太容易了。"
方舟子的决不认输、决不认错是科学圈内公认的特点，他从不对自己的某些被人认为错误的言行道歉，常常是论战中最后一个出来说话的人，而台下早已空无一人。"道歉会使被你伤害的人原谅你。"刘兵说。
于建嵘在接受《南方周末》记者采访时表示："对于他这种自任学术法官的人，我不骂他，还能怎么办？"他在给方舟子的另一封信中表示："对付你这样的人渣，绝对要放得下斯文，就要用更流氓的手段。"
方舟子将《写给杂种方舟子的信》贴到新语丝上，以示于建嵘教养不高，田松因此评论于建嵘很高明---在方舟子掌控的新语丝阵地上，于建嵘竟然是极少见的、能用新语丝反击方舟子的人。
田松在正面评价方舟子打假的意义后表示，从2005年前后博客兴起后，随着媒体更加开放，方舟子之前独一无二的价值渐渐式微。
刘华杰曾说过，方舟子批评别人采用的是一套标准，自己做事采用的是另一套标准。这种双重标准弱化了他的公信力。一个明显的例子是，方在打假的同时，自己也不断被指控抄袭，但这种行为并没有给他带来心理上的负担。
刘兵认为，方舟子在学术打假时集"侦查、控告、审判"于一身，对"假"的认定，并非由学术共同体以集体的方式来认定。"例如王海打假，是不是假货并非由王海自己说了算，而是由独立的机构来鉴定。"
"对法治社会而言，个人道德只是影响公信力的因素，但并不是最重要的。"刘兵说，"即使他的道德水准没有问题，他个人是否拥有对于他所打的假货进行鉴定所需要的充分的专业知识？假如打假者个人的道德水准有问题，由第三方权威机构来鉴定就更有必要了。"
但即便如此，方舟子强大的话语权和影响力仍然存在。在许多人的心目中，作为"打假英雄"、"打假斗士"的方仍是正义的代名词。
在一个造假现象并不鲜见的社会中，公众对现实的不满是方舟子获得认同的原因之一。田松认为，也正因为如此，人们容易本能地原谅方舟子的错误。
学术界的宋祖德？
许多人对方舟子的第一印象都是温和、文雅，甚至谦虚，这使他们对方在网络上的四面出击深感惊讶。
方在被媒体捧为“打假英雄”的同时，近年来却不断与媒体结怨。《南方周末》记者夏榆至今没有与方打过任何交道，但他的名字也出现在"新语丝"的"中国不良记者名单"中，"罪名"是"剽窃"。
“我想有此荣幸是方先生依据一篇网文，涉及本人在2009年10月的一篇诺贝尔文学奖报道(《赫塔·米勒：我是在书桌前，不是在鞋店里》)。”夏榆对《法治周末》记者说。
对于是否剽窃的问题，夏榆说："《南方周末》职业规范委员对那篇报道有结论，当事各方事后亦有结论，只是各方的结论都不支持方的观点罢了。"
“这个'不良记者'名录，说到底，也就是方先生私设公堂，自任判官，自我论断而已。"夏榆说，"名录中出现的诸多所谓'不良'记者的名字，多是我尊敬的新闻业同道。他们的个人品行和职业操守我也清楚，也不是说'黑'就'黑'，说'不良'便'不良'。”
而知名杂文家鄢烈山更是一个“只向真理低头”的硬汉，其"铁骨铮铮"的形象为人所熟知，但他也登上了方的"不良记者"黑榜。当时就因为于建嵘与方舟子的冲突，鄢烈山写了《警惕方舟子，理解方舟子》一文，表示"同情"方舟子，未曾想反受其害。
“我认为他是滥用了话语权，伤害了于建嵘。我说过对他表示很遗憾的话，其实有两层意思，首要的我对于他的打假行为整体上是支持的、赞扬的，有个案失误也是难免的。"鄢烈山说，"对于他有时过于自负，文风有些偏激，我觉得'很遗憾'。方舟子是一个很要强的人，连'遗憾'这样的字眼也容忍不了。那么我也只有表示'遗憾'了，不必介意。”
对于被列入“黑名单”，鄢烈山反应平静：“他说我是'不良记者'我就是'不良记者'了吗？如果他是政府新闻出版管理机关的，代表官方这样说我，那就不一样了，威胁到我的饭碗，性质就不一样了。”
今年初，方舟子与王菲爆发"口水战"，80后争议作家"独孤意"加入战端，并以娱乐界著名"大嘴"宋祖德形容方舟子。他在《方舟子人格和学术都不如宋祖德》的博客文章中称"方舟子人格不如宋祖德是有科学依据的"。
3月26日，方舟子在网上展开最新一场骂战，将学者萧瀚斥为"神棍"。次日，萧翰在微博上说："这些年来，您在打假领域作出的贡献有目共睹，令人敬佩。您我昨日今日之争，再次反映出您在公共辩论方面缺乏基本规则，用羞辱性语言谩骂辩论对手并不能使您的观点更有说服力。"
但是，不管是曾经与方舟子发生过论战的学者，还是被方列入"不良记者"黑名单的新闻界人士，对《法治周末》记者的采访请求，均奉行江晓原的"三不原则"，表示不愿意理睬方舟子。
3月27日，《法治周末》记者向方舟子的电子信箱发去一份采访提纲，提问较为尖锐，方舟子很快回复邮件：“你们这些骗子帮凶和无耻小人不配来审讯我。在你们这篇由郭国松、杨玉圣、祝国华和葛莘为迎接肖传国出狱而精心策划的诽谤我的报道出来之后，我将起诉你们报社，并将你和你的执行主编郭国松列入不良记者名单。方舟子。”
