在我们体内，有一类称为抗体的蛋白质，它们就像警察一样，监控着入侵体内的“坏蛋”——细菌、病毒、真菌和寄生虫，随时准备好调兵遣将将其消灭。不幸的是，正如警察有时会冤枉好人，抗体也会犯糊涂。有时候，抗体会把自身的细胞当成敌人进行攻击，让人患上“自身免疫症”。还有的时候，抗体攻击的虽然是入侵者，但是这些入侵者并不是“坏蛋”（例如没有完全消化就被吸收进体内的食物蛋白质），抗体对它们如临大敌反而对身体造成了伤害，甚至能导致死亡。这种情形，我们叫做过敏。
抗体有5种，和过敏有关的那种叫IgE。我们还不能十分肯定IgE究竟对身体有什么益处，很可能是专门用来对付入侵体内的寄生虫的。这个作用对现代人来说微不足道，倒是IgE的副作用——过敏更引人注目。某些食物含有某种能招惹IgE的蛋白质成分，称为抗原。食物中的蛋白质通常在消化道内被消化成氨基酸再被吸收到体内。但是有的蛋白质抵抗胃酸和蛋白酶分解的能力很强，不容易被消化，能少量地穿过消化道的管壁进入血液中。淋巴细胞会大量地生产针对这种抗原的IgE。IgE和一种主要分布在皮肤、呼吸道、消化道的细胞——肥大细胞结合在一起，下次再碰到同一种抗原时，肥大细胞释放出许多能导致炎症的物质，引起了种种过敏症状。
幸好，对大多数人来说，IgE的表现还算正常。那些所谓过敏体质的人毕竟只是少数，只有大约2%~8%的人会对某种或某些食物过敏。能引起过敏的食物主要是海鲜、奶制品、蛋、花生、坚果、大豆、小麦这几类，90%的食物过敏是由这些食物引起的。
近年来，对食物过敏的案例似乎在增加。我们不知道这是由于过敏因素真的增加了，还是由于人们对食物过敏更关注了。但是绿色和平组织之类的“环保组织”却声称，这是由于转基因食品能引起过敏。果真如此吗？
所谓转基因食品，是用转基因粮食作物生产的。转基因作物和同类非转基因作物的区别，在于转入了某种特定的外源基因。所有的基因的化学成分都是一样的，都由核酸组成。食物中的核酸是不会引起过敏反应的。如果真的有人对食物中的核酸过敏的话，那他不仅会对转基因食品过敏，也会对几乎所有的食品过敏，因为几乎所有的食品都含有大量的核酸。所以，根本不用担心转基因食品中的那一点点外源基因有可能引起过敏。
食物过敏都与食物中的某种蛋白质有关。转基因作物中的外源基因是通过制造特定的蛋白质发挥作用的，这种外源蛋白质有没有可能导致过敏呢？研究人员在研究转基因作物时，已充分考虑到这个问题。来自已知能引起过敏的食物的基因将不被采用。例如，为了增加大豆中的甲硫氨酸的含量以提高大豆作为饲料的营养价值，一种巴西干果的蛋白质基因曾被转入大豆，但是实验发现这种大豆可能会引起某些人过敏，虽然它本来就没打算让人吃，也未推向市场。
已知的过敏原大约有500多种。把转基因作物制造的新蛋白质的化学成分及结构与已知的过敏原一一作比较，如果发现具有一定的相似性，也会被放弃。大部分的过敏原都难以消化，因此转基因产生的新的蛋白质要检测是否能够快速地被消化，如果不能，该转基因食物也不能供食用。在经过了严格的检测和管理之后，含有过敏原的转基因食物能够上市的可能性很小。目前上市的转基因食品没有一种被发现含有新的过敏原。
有一种抗虫害转基因玉米制造的蛋白质Cry9c不那么容易消化，为慎重起见，美国管理部门规定它只能用来做饲料（其他的抗虫害转基因玉米则能供人食用）。2000年发现它被快餐店用于制作玉米片、炸玉米卷，引起全国性回收，商家损失惨重，曾经轰动一时。有28个人声称吃了这种转基因食品出现过敏反应。但是美国疾病控制中心对这些人抽血化验，没能在其体内发现针对Cry9c的IgE，认为他们的声称没有证据。对声称者进行有安慰剂对照的双盲试验，结果也否定了该转基因食品能引起过敏。
转基因食品在全球范围内已被几十亿人食用了十几年，未发现因此过敏或出现其他不良反应的案例。相反地，转基因技术可以用来防止食物过敏。
有一些人（主要是5岁以下的幼儿）会对大豆过敏，主要是大豆中一种被称为P34的蛋白质引起的。2002年，美国科学家用转基因技术让编码P34蛋白质的基因停止作用，大豆就不再生产P34蛋白质这种过敏原了。我们不知道P34蛋白质究竟有何功能，但是看来它对大豆植株的健康无关紧要，这种转基因大豆与天然的品种长得一样好。大豆中还有两种蛋白质会引起过敏。不过，有一些大豆的天然品种缺少这两种过敏蛋白，因此只要让这些野生品种的P34基因不起作用，就可以培育出3种过敏蛋白都没有的大豆，所有对大豆过敏的人都可以放心吃它了。
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