分析近百年来中国自由主义知识分子的命运，要对他们所生活的不同时代先作一个基本评价，然后再观察他们与政府之间的关系，这里我想先从三个北大校长说起。
一般谈论中国自由主义知识分子，常要从严复开始，晚清历史处境中的中国自由主义知识分子，是在传统与现代转型中发挥作用的，从晚清到民国，虽然时代变了，但对社会基本结构的震动并不很大，创造民国的领袖在很长时期里，是与晚清的旧臣在共同进行政治活动，虽然冲突不断，但并非你死我活。民初中国政治的变化，对日常生活的影响是渐进的，中国文化的基本传统没有断裂。科举的废除、新政的实行、立宪运动的兴起、地方自治的热潮等等，对社会生活的影响基本是正面的。虽然科举的废除，把有志于仕途的读书人放在了半路上，但并没有从根本上绝了他们的生路，因为有相对发达的民间社会为不能再进入仕途的读书人预留空间。政府没有限制民间办学，民间还有办报纸、办出版社和通讯社及宗教活动的自由。民国以后，严复做了北京大学的第一任校长。在他以后的校长蔡元培和蒋梦麟，都是自由主义知识分子，中国文化的命脉基本保存在他们手里。在政府眼中，他们的作用主要是精神方面的，是文化和道德的先锋。
到了胡适等人发挥作用的时候，在北洋和国民政府两个时期，这一代自由主义知识分子在政府眼里还是一种重要的社会力量，那时从事民间文化活动的条件并没有消失。这两个时期，都杀害过新闻记者，如林白水、邵飘萍和史量才等，查封报纸和杂志的事件也时有发生，但构成这些民间活动的主要法律保障始终存在，所以才出现了许多独立的报纸杂志如《申报》、《大公报》和《国闻周报》、《观察》周刊等，同时有大批著名报人出现，民间社会的生机还是很旺盛的，私人可以办大学，而且办成了名校，如南开大学。教会也可以办大学，同样也办成了名校，如燕京大学和协和医学院等等。在国家之外，社会的力量随处可见。在国民政府面临困境的时候，胡适又做了北京大学的校长，当时政府对自由主义知识分子还保存了敬意。
中国第一代和第二代自由主义知识分子的代表人物，先后做了国立北京大学的校长，这是他们与政府关系的一个缩影。当年胡适的好友傅斯年曾在给他的信中说过：“与其入政府，不如组党，与其组党，不如办报。”从严复到胡适，他们和政府之间，基本是一种诤友关系：你不对的时候我批评你，你对的时候，我就支持你，这种关系建立在一种相互信任的基础上，有人格和知识做最后的底线。
蔡元培和胡适他们曾有过“好人政府”的倡言，政府也在不同时期尊重过这种意见。当年无论北大还是清华，都曾有过名教授从政的先例。从早期的罗文干、汤尔和到后来的翁文灏、蒋廷黻、吴景超与何廉等，虽然最后合作不很愉快，但政府对自由主义知识分子的人格、知识和信仰都保持了敬意。那时政府官员和自由主义知识分子有天然联系，即同出一校或在同一地留学。中国传统社会的官僚主要来源于科举，科举的传统是特别看重同年同科，这一传统到了现代转化成同学同校之谊，这是中国现代政治的一个特点。在政府和自由主义知识分子之间，政府总是强者，凡强弱关系能保持合作，必是强者一方有大的诚意，所谓“以国士待我者，我必以国士报之，以众人待我者，我必以众人报之。”七七事变后，国民政府召开的庐山谈话会，表现了政府对所有社会力量的尊重，因为政府邀请了包括共产党在内的所有社会力量来讨论国家面临的问题。
1949年以后，严格说，中国已不存在自由主义知识分子，虽然从人数上说留下来的不少，但自由主义的领袖人物如胡适、傅斯年却走了，北大的传统实际是到了台大，因为傅斯年本来就代理过北大的校长，台大后来的声望是在傅斯年手里开始建立的。
在中国大陆，经过历次政治运动，自由主义知识分子凋残。当时只有极少数从事军工研究的人员得到了保护，如王淦昌、彭桓武和邓稼先等。当全能政府健全以后，民间社会窒息。以往的改朝换代，社会基本结构和文化传统常能得以延续，而全能时代却把中国社会的基本结构和文化传统基本破坏了。旧朝退去时在政治、外交、司法、经济、文化及道德方面积累的传统资源，没有得到保留，特别是国家和社会在政治活动的中间地带出现了真空。马寅初是新政权建立后的首任北大校长，但政府却不容忍他的一个学术观点。北大的自由主义传统到了他这里已经奄奄一息，独立思想，自由精神已成绝响。
常态社会里总要有中间力量，他们常以社会贤达出现，自由主义知识分子是这个群体中的重要力量。社会贤达由前朝官员、地方绅士、大学教授及各行业中具有社会声望的人士构成。他们一般有独立的经济基础，广泛的社会关系和为社会各政治力量认可的社会声望。他们通常不直接介入政治活动，只在文化、道德和社会进步方面发挥作用。
如今，对于当代中国自由主义知识分子来说，他们面临重建民间社会的重任。近三十年来，中国已出现了一些相对独立的社会阶层，如律师、工商业者和各种自由职业者等等，随着大学改革步伐不断加快，教授的自由流动早晚将成为现实，他们有可能再承担起社会贤达的职能，架起与政府之间的桥梁，在此基础上建立与政府新的合作关系。不过这一切都取决于政府的诚意。
未来中国的大学校长，主要应当由具较高社会声望的人来担任，他们以独立知识分子的面貌，为社会进步承担责任，为民族复兴尽心尽力，为国家的自由和民主奋斗。
