作者:Xiaoyi Cao et al. 来源:Genome Biology 发布时间:2018/7/27 13:56:57
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Genome Biology新文速递|不用编程的个性化基因组浏览器

论文题目:GIVE: portable genome browsers for personal websites

期刊:Genome Biology

作者:Xiaoyi Cao et al.

发表时间:2018/7/18

数字识别码:10.1186/s13059-018-1465-6

原文链接:https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-018-1465-6?utm_source=Other_website&utm_medium=Website_links&utm_content=DaiDen-BMC-Genome_Biology-Biology-China&utm_campaign=BMCF_USG_BSCN_DD_GIVE

基因组大数据时代,生物学渐渐变成了数据科学。大量基因组数据需要一种视觉表现形式成为可视化的数据。早年的人类基因组计划伊始,Ensembl和UCSC的基因组浏览器是使用时间最长也是使用最广泛的浏览器,然而这种高度中心化的浏览器往往不能满足时代技术发展带来的个性化数据需求。

有许多研究者尝试打造个性化的浏览器,但这个进程往往困难重重。Genome Biology 近日(2018年7月18日)发表了来自加州大学圣迭戈分校(UCSD)的钟声教授研究组打造的名叫GIVE (genomic interaction visualization engine,基因组互作可视化引擎)的编程库。GIVE可用来产生便携式、多样化的基因组浏览器,这些浏览器可以放在个人网页上。

非专业用户可以利用GIVE在自己的个人网页上建立可视化的基因组注释、线性与定量数据、多种基因组/后基因组数据之间的位点相互作用数据。打个简单的比方,有了GIVE之后,在个人网页上建立一个基因组可视化浏览就像在旅店的官网上建立一个内置式的谷歌地图。

如下图所示,GIVE平台提供了一种简单的方法,通过整合任意公共服务器上托管的数据,添加几行HTML标记在个人网页中建立基因组浏览器。GIVE库支持三种类型的数据轨道:BED格式的基因组注释数据,Wig / BigWig格式的定量数据和交互矩阵格式的基因组交互数据。

由作者手绘的GIVE示意图,来自论文

科研工作者们常常需要将自己实验室产生的基因组数据与公共平台上的数据进行整合,实验室之间通过公共平台分享数据的情况也很常见。GIVE的建造者们基于这个需求,在GIVE的数据枢纽囊括了几个公共数据库,这样通过简单的搜索、过滤、输出功能,用户可以整合公共平台数据。

要了解更多GIVE功能,阅读张学工教授提供的深入浅出的研究亮点全文请点击

要详细了解GIVE的使用介绍,阅读钟声教授实验组的软件原文请点击

张学工教授

清华大学自动化系教授,北京信息科学与技术国家研究中心生物信息学部主任。实验室主要研究方向为机器学习与模式识别的理论、方法与应用,人类细胞图谱与组学数据分析,基因调控分析,疾病基因组学,宏基因组学等。

钟声

美国加州大学圣地亚哥分校教授,美国国立卫生研究院共同基金四维核体组织中心 (NIH Common Fund 4D Nucleome Organizational Hub) 主任,主要研究基因调控如何影响细胞行为。实验室通过开发新的生物技术来绘制分子网络,包括RNA-RNA 相互作用组,RNA-DNA相互作用组和蛋白质相互作用组, 进而开发基于核酸的体外检测方法和治疗技术。

摘要:

Growing popularity and diversity of genomic data demand portable and versatile genome browsers. Here, we present an open source programming library called GIVE that facilitates the creation of personalized genome browsers without requiring a system administrator. By inserting HTML tags, one can add to a personal webpage interactive visualization of multiple types of genomics data, including genome annotation, “linear” quantitative data, and genome interaction data. GIVE includes a graphical interface called HUG (HTML Universal Generator) that automatically generates HTML code for displaying user chosen data, which can be copy-pasted into user’s personal website or saved and shared with collaborators. GIVE is available at: https://www.givengine.org/.

阅读论文原文,请访问https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-018-1465-6?utm_source=Other_website&utm_medium=Website_links&utm_content=DaiDen-BMC-Genome_Biology-Biology-China&utm_campaign=BMCF_USG_BSCN_DD_GIVE

(来源:科学网)

 
 
 
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