作者:贺林等 来源:《PLoS计算生物学》 发布时间:2011-4-18 15:30:36
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研究成功定位粒细胞下降关键蛋白
 
来自上海交通大学Bio-X研究院生物信息研究中心,复旦大学,美国辛辛那提大学儿童医院医疗中心等处的研究人员在系统药理学研究方面取得新进展,相关研究成果公布在《公共科学图书馆—计算生物学》(PLoS Computational Biology)杂志上。
  
这项研究由贺林院士和美国FDA访问学者杨仑博士领导,由国家自然科学基金青年基金,国家863、973计划资助,并得到美国FDA相关部门和专家的积极支持和肯定。主要参与人还包括上海交通大学Bio-X研究院生物信息研究中心博士生王可鉴和技术员陈剑。
 
在这篇文章中,研究人员利用基于"化合物-蛋白互作组"(chemical-protein interactome, CPI)的方法论体系研究靶蛋白和靶系统偏差引发药物不良反应和老药新用的系统生物学机制。该研究利用"差异CPI",通过对比抗精神药物氯氮平(可引起粒细胞下降的不良反应)和与之在结构、药理等方面十分相似的奥氮平(不良反应报告较少)与数百个人类蛋白之间结合强度的差异,成功定位出与粒细胞下降相关的关键蛋白;同时,基于对氯氮平处理细胞的基因表达谱芯片的数据挖掘,验证了受与这些基因相关的偏差靶系统。从而为药物不良反应的系统药理学、个体化用药和基于系统的老药新用等方面的研究提供了创造性和坚实的理论依据。
 
除此之外,近期贺林院士研究组还发现了中国汉族人群中与白细胞端粒长度(LTL)相关的两个单核苷酸多态(SNPs)。
 
端粒(Tefomere)是真核细胞染色体末端特殊的DNA结构,由高度重复的DNA序列(在人类为TTAGGG)和结合蛋白所构成。端粒的长度随着每次细胞分裂逐渐变短,是细胞保护染色体免遭熔合、重组和降解的重要机制。端粒DNA长度是细胞复制历史的标志,并与人体的衰老以及多种疾病的发生有着密切的关系。近年在大量端粒相关研究中,外周血白细胞端粒长度(LTL)被研究人员视为首选的端粒长度测量系统。
 
近期的一项全基因组关联研究证实染色体3q26区域一个包含TERC的位点与LTL相关。为了确定中国大陆人群基因组中靠近TERC的位点的两个SNPs rs12696304和rs16847897的效应。贺林课题组研究人员对4016名中国汉族个体进行两个候选SNPs与LTL的关联分析。经校正年龄、性别和糖尿病基础上,利用多元线性回归分析方法研究人员评估了每个SNP与LTL的相关性。统计结果表明在中国汉族人群中靠近TERC的SNP rs12696304 和rs16847897与LTL的相关性分别为P~4.5 × 10−3 and 9.5 × 10−5。rs12696304 和rs16847897等位基因的一个拷贝分别对应端粒长度相对的 T/S 比率为0.024和 0.031,分别相当于大约3年和4年的年龄相关端粒磨损程度。(来源:生物通 万纹)
 
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