作者:胡珉琦 来源:中国科学报 发布时间:2020/2/22 9:44:36
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基因研究证实新冠病毒并非来自华南海鲜市场

 

1月27日,Science在线发表了一篇新闻报道,有研究人员推测新型冠状病毒可能并非源自华南海鲜市场。理由是,最初的一个病例在12月1日患病,但与华南海鲜市场无关。

如今,这个推测被中国科学家最新的基因研究成果所证实。相关研究已发表在中国科学院科技论文预发布平台ChinaXiv。

截止2月12日,中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员一起收集了全世界各领域共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本的基因组数据,通过全基因组数据解析,追溯传染源及扩散路径。研究结果发现:

新型冠状病毒并非来自武汉华南海鲜市场

研究收到的93个样本包含58种单倍型,单倍型演化关系显示,单倍型H13和H38是比较“古老的”单倍型,通过一个中间载体(mv1,可能是一个祖先单倍型,可能是来自中间宿主或者“零号病人”)与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联,并通过单倍型H3衍生出了单倍型H1。

与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生的单倍型H2、H8-H12,而一份武汉样品单倍型H3与华南海鲜市场无关。可见,华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来,在市场中发生快速传播蔓延到市场之外。

新冠病毒发生过2次明显的种群扩张

根据新型冠状病毒基因组发生重组时间推算,1月之前的种群扩张发生时间是12月8日。这一结果也暗示了,病毒可能在12月初,甚至11月下旬已经开始有人际传播,随后在华南海鲜市场加快了人际传播。

另一次种群扩张发生在1月6日,这可能与元旦假期有关联。也是在这一天,国家疾控中心发布了2级应急响应。当时的预警起到了一些警示作用,公众活动和出行都有所减少。如果当时的警示能引起大众更广泛的重视,那么1月份中下旬向全国和全球蔓延的病例会有所降低。

该研究进一步确认了,我国其他9个省区和其他11个国家的感染病例基本都是从武汉直接或者间接输入而来。

现扩散的病例至少来自于3个途径

为了能够细分来源,研究人员将58种单倍型分成了五组,包括3个古老超级传播者单倍型(H1, H3和H13)和2个新的超级传播者单倍型(H56和mv2)。

以此鉴别出广东的病毒可能有三个来源,重庆和中国台湾的病毒有两个来源。其中,广东深圳一家人在早期就通过人传人进行了传播。澳大利亚、法国、日本、美国的样本相对较多,这些患者感染源至少有两个,而美国甚至包括了五个来源。

特别值得关注的是H56这个超级传播者单倍型,它同时是澳大利亚、法国、美国,以及中国台湾患者的传染源。

相关论文信息:http://www.chinaxiv.org/abs/202002.00033

 
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