来源:Frontiers of Computer Science 发布时间:2024/2/5 13:52:09
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FCS | 文章精要:cKBET——单细胞 RNA 测序数据中批次效应矫正优良性的评估

论文标题:cKBET: assessing goodness of batch effect correction for single-cell RNA-seq

期刊:Frontiers of Computer Science

作者:Yameng ZHAO, Yin GUO, Limin LI

发表时间:15 Oct 2023

DOI: 10.1007/s11704-022-2111-8

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导读

单细胞 RNA 测序揭示了单个细胞的基因结构和基因表达状态,可以反映细胞间的异质性。然而,非生物因素造成的批次效应可能影响数据整合和下游分析的结果。虽然批次效应可以通过可视化进行评估,但这种评估方式实际上是主观和不准确的。在这项工作中,本文提出了一种定量方法 cKBET,同时考虑了批次和细胞类型信息。cKBET 方法通过比较不同批次、不同细胞类型的细胞的全局分数和局部分数来评估批次效应。在模拟数据和真实生物数据集上验证了该方法的性能。实验结果表明,本文的 cKBET 方法在大多数情况下优于现有的方法。因此,本文的 cKBET 方法可以检测平衡或不平衡细胞类型的批次效应,从而评估批次效应校正方法的优良性。

文章精要


Frontiers of Computer Science


Frontiers of Computer Science (FCS)是由教育部主管、高等教育出版社和北京航空航天大学共同主办、SpringerNature 公司海外发行的英文学术期刊。本刊于 2007 年创刊,双月刊,全球发行。主要刊登计算机科学领域具有创新性的综述论文、研究论文等。本刊主编为周志华教授,共同主编为熊璋教授。编委会及青年 AE 团队由国内外知名学者及优秀青年学者组成。本刊被 SCI、Ei、DBLP、INSPEC、SCOPUS 和中国科学引文数据库(CSCD)核心库等收录,为 CCF 推荐期刊;两次入选“中国科技期刊国际影响力提升计划”;入选“第4届中国国际化精品科技期刊”;入选“中国科技期刊卓越行动计划项目”。


《前沿》系列英文学术期刊

由教育部主管、高等教育出版社主办的《前沿》(Frontiers)系列英文学术期刊,于2006年正式创刊,以网络版和印刷版向全球发行。系列期刊包括基础科学、生命科学、工程技术和人文社会科学四个主题,是我国覆盖学科最广泛的英文学术期刊群,其中12种被SCI收录,其他也被A&HCI、Ei、MEDLINE或相应学科国际权威检索系统收录,具有一定的国际学术影响力。系列期刊采用在线优先出版方式,保证文章以最快速度发表。

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