16S rDNA序列的系统进化树，来源：《科学》/美国科学促进会
在5月21日出版的Science杂志上，美国国立卫生研究院人类微生物旗下的学术联盟（Human Microbiome Jumpstart Reference Strains Consortium）的研究人员公布了微生物基因组测序计划中的前178个与人类宿主有关的细菌基因组序列的最初的分析。
研究人员将与其他人共享他们的数据，这样其他的遗传学家如果试图从自然环境中对大量的微生物基因组做直接采样的话，他们可以参考这些数据。这一对我们身体上的微生物的更好的理解会在将来为了解某些人类的疾病提供线索。
由于二十世纪90年代启动的人类基因组计划（HGP）以当时的技术水平要在15年内完成这一计划任务是很艰巨的。为了顺利完成人类基因组特别是功能基因组计划，科学家们同时也启动了模式生物基因组计划，以期探讨序列测定的新技术新方法以及确定基因功能的表达模式，其中包括大肠埃希菌、流感嗜血杆菌、酿酒酵母等微生物。
在过去的10年中，微生物学领域得到巨大的转变，这部分是由于坐落在马里兰州洛克菲勒市的基因组研究所（TIGR）的基因组测序仪的帮助。TIGR的科学家们发表了最初三个完整的微生物基因组序列——Haemppholus influenzae, Mycoplasma genitalium与Methanococcus jannaschii，并且随后完成了至2004年1月份全球完成与发表的150个微生物基因组中的40个。
在这篇文章中，研究人员研发了对在其自然环境中的微生物进行大规模基因组测序的标准化方法，他们的目标之一是为至少900种将人体称为住所的细菌制作出参照基因组序列。目前公开的是头178个与人类宿主有关的细菌基因组序列的最初的分析。 到目前为止，这些结果给未来的分析工作提供了一个重要的基线，尽管这些研究人员说，他们只是刚刚触及了人类“微生物组”的表面而已。
2007年Science杂志就预测，人体微生物的研究可能成为国际科学家们的新热点课题，时间过去3年，这一预测就得到实现，随着肠道微生物基因组计划，肠道微生物与代谢疾病的研究步伐的加速，肠道微生物研究受到空前的重视。
在今年三月，Nature杂志就以封面文章的形式公布了人体肠道元基因组研究计划（MetaHIT）的一部分，研究人员用高通量的测序技术和高效能的信息分析平台，取得了一系列突破性的研究成果。
机体除受自身基因的调控外，还受到大量的共生细菌的影响。这些细菌大部分寄生在人的肠道中，通称为肠道菌群，在学术界常被称作“人体肠道元基因组”。该项研究成果收集了124个来自于欧洲人肠道菌群的样本，采用了新一代大规模高通量的测序技术进行深度测序，产出近6千亿的碱基序列。经过序列组装和基因注释分析，从中获得330万个非冗余的人体肠道元基因组的参考基因，约是人自身基因的150倍。这个基因集中包含了绝大部分目前已知的人体肠道微生物基因，但更多的是目前未知微生物的基因。从这个基因集中可以估计人肠道中存在约1000到1150种细菌，平均每个体内约含有160种优势菌种，并且这些细菌是绝大部分个体所共有的。（来源：生物通 万纹）
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