近日，记者从中国水产科学研究院黄海水产研究所获悉，取得重要科研突破。该所海洋渔业资源分子生态学研究团队成功破译了鳀鱼（学名：日本鳀，Engraulis japonicus）染色体水平基因组，相关研究成果已发表于国际期刊《科学数据》（Scientific Data）。这项研究为深入理解鱼类资源对环境适应的分子机制，以及科学管理海洋鱼类种群提供了重要依据。

鳀鱼   课题组供图

鳀鱼是西北太平洋重要的中上层小型鱼类，主要分布在我国渤海、黄海、东海，朝鲜半岛沿海以及日本周边海域。作为黄海、东海食物网的关键物种，鳀鱼资源的兴衰直接影响蓝点马鲛、带鱼等肉食性经济鱼类的饵料供应，在渔业生态系统食物链中承担着能量传递的"桥梁"作用，具有极高的生态价值和经济价值。

研究人员展示鳀鱼   课题组供图

研究团队采用PacBio高保真长读长测序技术、Hi-C染色体构象捕获技术和Illumina短读长测序技术，首次构建了鳀鱼的高质量染色体水平基因组。该基因组大小为1467.6兆碱基对，重叠群N50长度为456.3千碱基对，其中1423.3兆碱基对锚定至24条染色体，覆盖95.2%的组装序列。

破译鳀鱼染色体水平基因组   课题组供图

研究结果显示，该基因组完整性高达94.07%，共注释了780.9兆碱基对（54.9%）的重复序列。在重复序列中，长散在核元件（LINE）、短散在核元件（SINE）、长末端重复序列（LTR）和卫星DNA序列分别占基因组的6.3%、0.9%、9.1%和2.7%。研究还预测了24,405个蛋白编码基因，其中97.15%的功能基因获得数据库注释，同时预测出23,984个非编码RNA（ncRNAs）。

黄海水产研究所专家表示，20世纪90年代，我国黄海、东海鳀鱼年渔获量曾高达百万吨，是当时该海域单一物种资源量最大的鱼种。但进入新世纪以来，鳀鱼资源急剧衰退，渔获物呈现低龄化、小型化特征，群体密度持续下降，目前已难以形成渔汛。鳀鱼资源的可持续利用不仅关系到区域渔业经济发展，更是维护黄海、东海生态系统稳定的关键所在。

据悉，这项研究成果为深入挖掘鳀鱼遗传资源、研究小型中上层鱼类适应性进化以及开发资源高值化技术奠定了重要数据基础，将为我国海洋渔业资源保护和可持续利用提供科学支撑。

黄海水产研究所研究员柳淑芳和博士王乐为共同第一作者，黄海水产研究所研究员庄志猛为通讯作者。

论文相关信息：

https://doi.org/10.1038/s41597-025-04423-z