作者:卜金婷 来源:科学网微信公众号 发布时间:2024/5/26 20:28:16
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650多名学者联名批评AlphaFold3不透明

 

当地时间5月8日,谷歌DeepMind发布其生物学预测工具AlphaFold的最新版本——AlphaFold 3。这一重大成果在科学界引起了巨大轰动。
在蛋白质预测领域专家看来,AlphaFold 3是“变革性的”和“令人印象深刻的”。他们表示,这项工作可以用于测序蛋白质、DNA、RNA、小分子等几乎所有生物分子结构和相互作用。

此次AlphaFold3的模型是DeepMind和AI制药公司Isomorphic Labs共同开发的,这项研究已发表在《自然》杂志上。但其不公开底层代码、仅提供受限访问的举措,引发了科学界的广泛批评。截至5月14日,已有超过650名研究人员联名签署公开信,表示对论文不提供代码感到失望,并批评期刊违背了其关于代码可用性的规定。

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图:多名学者联名信

 

将在6个月内为学界提供开源模型

AlphaFold 3目前只能通过网络服务器访问,每日请求限制为20次(发布之初请求限制是10次)。此外,用户在分析分子方面也面临限制。例如,它无法预测蛋白质与新型药物之间的相互作用,这可能是为了防止与Isomorphic Labs的竞争。
AlphaFold 3的代码在《自然》杂志的论文审查过程中并未公开。福克斯蔡斯癌症中心的计算结构生物学家Roland Dunbrack是这封信的组织者之一,他表示在收到手稿时没有办法测试程序。Dunbrack说:“在与杂志社联系后,我获得了网络服务器早期版本的访问权限,但在文章发表前,我曾多次要求提供代码,但都没有得到回应。我不明白编辑为什么要在这种情况下把它送审。”
美国加州大学旧金山分校的结构生物学家、这封信的组织者之一James Fraser说:“这篇论文没有提供理由,只是提出‘未提供代码’,这似乎违反了《自然》杂志的政策。”《自然》的编辑政策规定:作者必须及时向读者提供代码,不得有不适当的限制。
这一明显的矛盾引起了研究人员的愤怒。瑞典斯德哥尔摩大学的生物物理学家、这封信的署名者Erik Lindahl说:“在我看来,这项工作的大部分内容都不符合科学研究的要求,实际上这是一则商业广告。”
面对批评,《自然》杂志主编Magdalena Skipper发表声明,为该杂志处理这篇论文的方式进行了辩护。她指出,尽管《自然》力求在每个机会中提高透明度,但在某些情况下可能无法公开研究数据或代码。编辑们会考虑很多不同的因素,包括对生物安全的潜在影响以及由此带来的伦理挑战,在这种情况下,编辑部会与作者合作提供支持可重复性的替代方案。
自公开信发布以来,DeepMind研究人员已经表示,有关AlphaFold 3的更多信息即将发布。DeepMind研究员、AlphaFold 3论文的作者之一Pushmeet Kohli发布推文,回应学界的质疑和不满,宣布将在6个月内为学界提供开源模型。

 

“AlphaFold 3测试全军覆没”

自AlphaFold 2于2020年发布以来,科学家们已经广泛使用这一工具预测了各种蛋白质结构、发现了药物以及绘制了多种已知蛋白质。

AlphaFold 3的进步在于它不仅可以处理蛋白质,还可以同时输入核酸、小分子、金属离子等物质,并预测它们会如何与蛋白质结合。因为蛋白质不可能孤立地发挥作用,而是需要与其他物质产生交流,这一过程也是科学家们最关心的。
5月9日晚,中国科学院院士、深圳湾实验室主任颜宁在个人微博账号发布长文表示,“我对AI的态度总结起来其实是两个字‘敬畏’,它的发展速度超乎想象。每次我都是指出AlphaFold版本当前不能解决的问题,比如最近我比较痴迷的glycoproteins、那些‘暗物质’们、in situ structures(原位结构),等等。但终归也只是时间问题。”
她强调:“这次的server版本我觉得是一个速度和准确度的平衡,正确率不是最好的。我现在手上有三个比较奇怪的蛋白,之前我自己搭的AF2 multimer可以在很低的ranking position找到一两个正确的conformation,这次的server版本测试全军覆没。”
她在文末指出:“AI一定会越来越强大,如何拥抱新技术,问出更有意思的问题,才是相关科研工作者现在更关注的。”
参考链接:

https://www.isomorphiclabs.com/articles/a-glimpse-of-the-next-generation-of-alphafold

https://www.science.org/content/article/limits-access-deepmind-s-new-protein-program-trigger-backlash

https://retractionwatch.com/2024/05/14/nature-earns-ire-over-lack-of-code-availability-for-google-deepmind-protein-folding-paper/

(原标题:感到失望!650多名学者联名批评AlphaFold 3不透明)

 
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