作者:温才妃 来源:中国科学报 发布时间:2023/2/13 11:42:25
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千种热带植物基因组计划启动

 

近日,第一届国际热带植物学术会议在海南三亚举行。会上启动的海南大学—贝纳基因等千种热带植物基因组计划与热带作物基因组与分子育种数据库联合平台计划,将进一步加强热带海量植物资源保护与利用基础研究,服务海南热带高效农业发展,同时为热带雨林植物数字化管理提供理论依据及全新方法。

据介绍,我国和全球热带植物物种遗传资源极为丰富,其经济价值和生态价值巨大。而全球性热带经济植物的基础研究落后,除了少数热带经济作物完成基因组测序,绝大多数具有极高遗传多样性的热带雨林植物、珍稀濒危植物的基因组知识知之甚少,而这些基础数据的获取不仅是开展遗传改良所必需,同时也是进化分类关系重建,遗传多样性定量评估,制定合理保护策略的基础。

另一方面是第三代基因组测序技术的长足进步,使得一般基因组测序与组装能力大大提升,成本显著减低。通过海南大学与贝纳基因的长期合作,制定最佳的基因组测序—组装作业策略,能够快速、高效完成大量基因组测序和数据处理工作,陆续发表高质量基因组,淀积数据,支持遗传改良和大尺度生物演化的研究。

在海南大学—贝纳基因等千种热带植物基因组计划中,校企合作将完成1000种热带特色经济植物基因组测序注释,涵盖热带特有植物、珍稀濒危植物、热带特色水果、蔬菜、药用植物、观赏植物、油料、经济林木和具有特殊生态价值物种;创建千种热带植物基因组及遗传多样性数据库;结合图像信息,构建海南热带雨林国家公园数字化管理系统等。

在分子育种数据库联合平台计划中,海南大学与中国科学院北京基因组研究所将联合创建热带作物基因组及分子育种大数据平台,服务全球热带作物基础研究和遗传改良。

海南大学负责提供热带作物基因组序列、物种群体重测序、转录组、蛋白组、代谢组及表型数据信息;组织团队负责持续的数据加载、软件开发,完善针对主要热带作物的全基因组基因检索、基因共表达网络、多基因性状位点及全基因组标记,GS育种设计等高级功能。

中国科学院北京基因组研究所提供基因组前沿技术支撑,提供数据库结构模块、数据存储和交换物理空间,数据访问的流量通道。部分开放远程后台,供海南大学加载数据和软件,提供相关技术人员培训空间及条件。

双方联合未来将创建全球最具有代表性的热带作物基因组和分子育种大数据服务平台。以该平台为基础,逐步扩大发展成为国家基因组科学数据中心热带作物基因组学分中心。

 
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