国科大坚持“科教融合”的办校方针，与院属研究机构（包括所、院、台、中心等），在管理体制、师 资队伍、培养体系、科研工作等方面高度融合，实现共有共治共享，其教学培养机构是由校部的十几个科教融合学院与百余家研究所共同组成的矩阵式结构体系。国 科大的基础学院一般由中科院一个高水平的北京地区研究所牵头承办，其他相关研究所参与承办。截至2015年7月，有52个研究所（京区37个、京外11 个）承办了国科大12个科教融合式学院，设置了102个教研室（系）。

国科大的核心使命是利用科教融合平台，遴选中国科学院最优质教育教学资源，适当引入外部资源，提供给研究生和本科生，造就德才兼备的创新创业人才，为国家的创新驱动发展服务。

2015年6月4日，横亘在国科大中关村校区与中科院物理所、数学研究院之间的围墙被拆掉，标志着国科大这一教学单元与研究所创新单元的联系更加紧密

围墙拆除后，国科大中关村校区与中科院物理所、数学研究院之间浑然一体

2012年9月，中国科学院大学第一次工作会议上，中国科学院院长白春礼为高鸿钧院士等9位科教融合学院院长颁发聘书

2012年9月，中国科学院大学第一次工作会议上，中国科学院院长白春礼为康乐院士等9位科教融合学院院长颁发聘书

2012年9月，中国科学院大学第一次工作会议上，中国科学院院长白春礼为李国杰院士等9位科教融合学院院长颁发聘书

2012年9月，中国科学院大学第一次工作会议上，中国科学院院长白春礼为汪寿阳院士等9位科教融合学院院长颁发聘书

2012年9月，中国科学院大学第一次工作会议上，中国科学院院长白春礼为吴一戎院士等9位科教融合学院院长颁发聘书

2012年9月，中国科学院大学第一次工作会议上，中国科学院院长白春礼为席南华院士等9位科教融合学院院长颁发聘书

2012年9月，中国科学院大学第一次工作会议上，中国科学院院长白春礼为朱日祥院士等9位科教融合学院院长颁发聘书

2015年1月24日，中国科学院大学按照“科教融合”体制建设的二级学院——物理科学学院成立，高鸿钧院长为向涛院士颁发”教学委员会主任“聘书

2015年3月16日，按照“科教融合”体制建设的中国科学院大学生命科学学院成立，学院由中科院生物物理研究所为主承办，联合动物研究所、遗传与发育生物学研究所、植物研究所、微生物研究所、北京基因组研究所、心理研究所等机构共同开展国科大研究生及本科生教学工作

2015年7月18日，中国科学院大学工程科学学院成立，中科院力学所是工学院第一责任单位，联合承办研究所有电工研究所、工程热物理研究所、理化技术研究所、武汉岩土力学研究所、兰州寒区旱区环境与工程研究所、三亚深海科学与工程研究所。