根据国家自然科学基金委员会与香港研究资助局1998年11月23日签订的关于设立联合科研资助基金的协议(以下简称协议)，国家自然科学基金委员会11月30日发布通告，开始征集2010年度的国家自然科学基金委员会和香港研究资助局联合科研资助基金申请项目。
本联合科研基金资助由中国内地和香港地区科研人员联合提出的自然科学领域的研究计划，重点资助领域为信息科学、生物科学、新材料科学、海洋与环境科学、中医中药研究、管理科学。每项申请只能按照国家自然科学基金委员会的学科划分选择一个学科领域进行评审；申报人务必注明所申报的学科领域。
2010年度联合科研资助基金为750万元人民币和l500万元港币。即国家自然科学基金委员会出资750万元人民币，香港研究资助局出资1500万元港币。
根据协议，本基金主要用于资助可持续的项目，拟申请的项目经费，内地申请者最高不超过40万元人民币，香港地区申请者最高不超过80万元港币。2010年拟资助的项目数为22-23项左右。项目的研究年限最长为三年，双方申请人申请的项目执行期限应为2年或3年。
根据协议，各方资助的经费原则上限用于当地。国家自然科学基金委员会资助基金的使用范围是：研究经费(含试剂和材料购置费，计算费等科研业务费)、香港合作者来内地的接待费用、内地人员赴香港的往返旅费以及其他国家自然科学基金认可的开支。香港研究资助局资助基金的使用范围是：香港研究人员聘请研究及支援人员、购置器材、一般支出包括消耗品、香港研究人员往返内地的旅费、内地合作者来香港接待费用及适当的生活津贴和香港研究人员参加国际会议的补助金。
双方确定，内地研究人员申请联合科研资助基金的条件与申请国家自然科学基金项目的条件相同，内地申请者应在内地科研单位具有稳定的工作岗位，同时具有副教授以上的职称；香港研究人员申请联合科研资助基金的条件与申请香港研究资助局研究用途辅助金的条件相同。本基金允许内地和香港地区的科技人员跨单位、跨学科之间的联合申请。内地和香港以外地区的科技人员可以作为内地或香港一方项目组成员申请联合科研资助基金。香港地区的合作伙伴必须是公立大学的常勤研究人员。
按照国家自然科学基金的规定，对本联合科研基金的申请将纳入国家自然科学基金委员会合作研究项目限项查重范围。即：内地申请人正在执行或申请国家自然科学基金委员会各类国际合作研究类型项目人员，不得再申请本联合基金。
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