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元分析定义共分馏质谱实验的设计和分析原则
作者:小柯机器人 发布时间:2021/7/4 15:24:16

近日,加拿大英属哥伦比亚大学Leonard J. Foster及其团队定义了共分馏质谱实验的设计和分析原则。相关论文于2021年7月1日在线发表在《自然—方法学》杂志上。

研究人员重新分析了206次共分馏质谱(CF-MS)实验,从而生成了一个经过统一处理的资源,其中包含超过1100万次蛋白质丰度测量值。研究人员使用此资源对CF-MS研究的实验设计进行基准测试,并系统地优化网络推理的计算方法。

然后,研究人员应用这种优化的方法通过CF-MS重建出一个初步的人类相互作用组图谱,并预测了27个真核物种或进化枝中超过700,000种蛋白质-蛋白质相互作用。

这项工作定义了新的资源来阐明进化时间尺度上的蛋白质组组织,并为CF-MS研究的设计和分析建立了最佳实践。

据了解,CF-MS已成为一种强大的相互作用组映射技术。然而,关于CF-MS实验设计或其计算分析的最佳策略几乎没有达成共识。

附:英文原文

Title: Meta-analysis defines principles for the design and analysis of co-fractionation mass spectrometry experiments

Author: Michael A. Skinnider, Leonard J. Foster

Issue&Volume: 2021-07-01

Abstract: Co-fractionation mass spectrometry (CF-MS) has emerged as a powerful technique for interactome mapping. However, there is little consensus on optimal strategies for the design of CF-MS experiments or their computational analysis. Here, we reanalyzed a total of 206 CF-MS experiments to generate a uniformly processed resource containing over 11 million measurements of protein abundance. We used this resource to benchmark experimental designs for CF-MS studies and systematically optimize computational approaches to network inference. We then applied this optimized methodology to reconstruct a draft-quality human interactome by CF-MS and predict over 700,000 protein–protein interactions across 27 eukaryotic species or clades. Our work defines new resources to illuminate proteome organization over evolutionary timescales and establishes best practices for the design and analysis of CF-MS studies.

DOI: 10.1038/s41592-021-01194-4

Source: https://www.nature.com/articles/s41592-021-01194-4

期刊信息

Nature Methods:《自然—方法学》,创刊于2004年。隶属于施普林格·自然出版集团,最新IF:28.467
官方网址:https://www.nature.com/nmeth/
投稿链接:https://mts-nmeth.nature.com/cgi-bin/main.plex