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樊荣团队开发出新型高分辨空间组学技术
作者:小柯机器人 发布时间:2020/11/17 11:21:40

美国耶鲁大学樊荣研究团队开发出新型高分辨空间组学技术。这一研究成果于2020年11月13日在线发表在国际学术期刊《细胞》上。

研究人员开发了在组织中的确定性条形码用于空间组学测序(DBiT-seq)以及在甲醛固定的组织玻片中通过下一代测序(NGS)共同映射mRNA和蛋白质的新方法。使用平行微流体通道将DNA条形码传递到组织玻片的表面,并使两组条形码A1-50和B1-50交叉流,然后原位连接,产生组织像素的2D马赛克,每个马赛克包含一个独特的完整条形码AB。在小鼠胚胎上的应用揭示了早期器官发生中的主要组织类型,以及大脑微血管和视野中的色素上皮等特征。10μm像素中的基因表达谱符合单细胞转录组簇,从而可以快速识别细胞类型和空间分布。
 
DBiT-seq可以被没有微流体学经验的研究人员所采用,并且可以在包括发育生物学、癌症生物学、神经科学和临床病理学在内的许多领域中得以应用。
 
附:英文原文

Title: High-Spatial-Resolution Multi-Omics Sequencing via Deterministic Barcoding in Tissue

Author: Yang Liu, Mingyu Yang, Yanxiang Deng, Graham Su, Archibald Enninful, Cindy C. Guo, Toma Tebaldi, Di Zhang, Dongjoo Kim, Zhiliang Bai, Eileen Norris, Alisia Pan, Jiatong Li, Yang Xiao, Stephanie Halene, Rong Fan

Issue&Volume: 2020-11-13

Abstract: We present deterministic barcoding in tissue for spatial omics sequencing (DBiT-seq)for co-mapping of mRNAs and proteins in a formaldehyde-fixed tissue slide via next-generationsequencing (NGS). Parallel microfluidic channels were used to deliver DNA barcodesto the surface of a tissue slide, and crossflow of two sets of barcodes, A1-50 andB1-50, followed by ligation in situ, yielded a 2D mosaic of tissue pixels, each containing a unique full barcode AB.Application to mouse embryos revealed major tissue types in early organogenesis aswell as fine features like microvasculature in a brain and pigmented epithelium inan eye field. Gene expression profiles in 10-μm pixels conformed into the clustersof single-cell transcriptomes, allowing for rapid identification of cell types andspatial distributions. DBiT-seq can be adopted by researchers with no experience inmicrofluidics and may find applications in a range of fields including developmentalbiology, cancer biology, neuroscience, and clinical pathology.

DOI: 10.1016/j.cell.2020.10.026

Source: https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)31390-8

期刊信息
Cell:《细胞》,创刊于1974年。隶属于细胞出版社,最新IF:36.216
官方网址:https://www.cell.com/