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惠利健组合作描绘肝癌药物基因组学“蓝图”
来源:小柯机器人 发布时间:2019/8/13 15:45:46

中国科学院分子细胞科学卓越创新中心惠利健研究组、中国科学院上海营养与健康研究所李亦学研究组、第二军医大学附属东方肝胆外科医院张海斌研究组以及南京大学医学院附属鼓楼医院施晓雷等取得一项新进展。他们的研究公布了目前最大的肝癌细胞模型库LIMORE(Liver Cancer Model Repository)及最详细的药物基因组学。这一成果发表在2019年8月12日出版的国际学术期刊《癌细胞》上。

为了表征肝癌中药物基因组相互作用的情况,研究人员开发了一种方案,以大约50%的成功率建立人肝癌细胞模型,并用81个细胞模型生成肝癌模型库(LIMORE)。LIMORE能够代表原发癌的基因组和转录组异质性。对LIMORE药物基因组学领域的研究发现了新的基因-药物关联,包括对肝癌普遍改变的合成致死率。此外,这也为选择索拉非尼响应患者提供了预测性生物标志候选物。LIMORE为促进肝癌的药物发现提供了丰富的资源。

据了解,肝癌具有高度异质性、预后差以及药物反应差等特征。更好地理解基因改变和药物反应之间的关系将有助于肝癌的精确治疗。

更多阅读:

惠利健,中国科学院上海生命科学院上海生物化学和细胞研究所研究员,博士生导师。研究方向:肝脏疾病的分子病理机制。(据中国科学院生物化学与细胞生物学研究所

李亦学,中国科学院上海营养与健康研究所研究员,博士生导师。中科院计算生物学重点实验室副主任,计算基因组学和大数据课题组组长。研究方向:生物信息学、系统生物学、基因组学、精准医学、复杂生物系统及其临界现象。(据中国科学院上海营养与健康研究所

张海斌,第二军医大学附属东方肝胆外科医院副主任医师、副教授。擅长肝胆疾病的外科治疗。(据第二军医大学附属东方肝胆外科医院

施晓雷,南京大学医学院附属鼓楼医院普外科行政副主任,普外科主任医师;南京大学副教授、博士生导师。临床主要从事肝胆外科、肝脏移植工作。科学研究方向为肝胆肿瘤、重症肝病肝移植。(据南京大学医学院


附:英文原文

Title: A Pharmacogenomic Landscape in Human Liver Cancers

Author: Zhixin Qiu, Hong Li, Zhengtao Zhang, Xiaolei Shi, Haibin Zhang, Yixue Li, Lijian Hui

Issue&Volume:Volume 36 Issue 2

Abstract: Liver cancers are highly heterogeneous with poor prognosis and drug response. A better understanding between genetic alterations and drug responses would facilitate precision treatment for liver cancers. To characterize the landscape of pharmacogenomic interactions in liver cancers, we developed a protocol to establish human liver cancer cell models at a success rate of around 50% and generated the Liver Cancer Model Repository (LIMORE) with 81 cell models. LIMORE represented genomic and transcriptomic heterogeneity of primary cancers. Interrogation of the pharmacogenomic landscape of LIMORE discovered unexplored gene-drug associations, including synthetic lethalities to prevalent alterations in liver cancers. Moreover, predictive biomarker candidates were suggested for the selection of sorafenib-responding patients. LIMORE provides a rich resource facilitating drug discovery in liver cancers.

DOI: https://doi.org/10.1016/j.ccell.2019.07.001

Source: https://www.cell.com/cancer-cell/fulltext/S1535-6108(19)30328-9

期刊信息

Cancer Cell:《癌细胞》,创刊于2002年。隶属于细胞出版社,最新IF:23.916
官方网址:https://www.cell.com/cancer-cell/home
投稿链接:https://www.editorialmanager.com/cancer-cell/default.aspx


本期文章:《癌细胞》:Volume 36 Issue 2