当前位置:科学网首页 > 小柯机器人 >详情
科学家利用生物导体进行单细胞分析
作者:小柯机器人 发布时间:2019/12/4 16:28:59

美国约翰霍普金斯大学彭博公共卫生学院Stephanie C. Hicks和弗雷德·哈金森癌症研究中心Raphael Gottardo团队合作,发现可用生物导体进行单细胞分析。2019年12月2日,《自然—方法》在线发表了这一成果。

研究人员以最先进的计算方法,标准化的数据基础结构和交互式数据可视化工具为特色,为潜在用户提供了有关单细胞方法的概述和在线书籍(https://osca.bioconductor.org)。

据了解,最近先进的技术已使单个细胞中的全基因组范围内的特征分析成为可能。但是,单细胞数据提出了独特的挑战,需要开发专门的方法和软件基础结构才能成功获得生物学见解。生物导体项目已迅速发展以满足这些需求,它带有以R包分布式群体开发的开源软件。

附:英文原文

Title: Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor

Author: Robert A. Amezquita, Aaron T. L. Lun, Etienne Becht, Vince J. Carey, Lindsay N. Carpp, Ludwig Geistlinger, Federico Martini, Kevin Rue-Albrecht, Davide Risso, Charlotte Soneson, Levi Waldron, Herv Pags, Mike L. Smith, Wolfgang Huber, Martin Morgan, Raphael Gottardo, Stephanie C. Hicks

Issue&Volume: 2019-12-02

Abstract: Recent technological advancements have enabled the profiling of a large number of genome-wide features in individual cells. However, single-cell data present unique challenges that require the development of specialized methods and software infrastructure to successfully derive biological insights. The Bioconductor project has rapidly grown to meet these demands, hosting community-developed open-source software distributed as R packages. Featuring state-of-the-art computational methods, standardized data infrastructure and interactive data visualization tools, we present an overview and online book (https://osca.bioconductor.org) of single-cell methods for prospective users.

DOI: 10.1038/s41592-019-0654-x

Source: https://www.nature.com/articles/s41592-019-0654-x

期刊信息

Nature Methods:《自然—方法学》,创刊于2004年。隶属于施普林格·自然出版集团,最新IF:28.467
官方网址:https://www.nature.com/nmeth/
投稿链接:https://mts-nmeth.nature.com/cgi-bin/main.plex