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新方法可模拟高保真Hi-C数据
作者:小柯机器人 发布时间:2019/11/12 16:22:51

FreeHi-C能够模拟高保真Hi-C数据,用于基准分析和数据扩充。这一成果由美国威斯康麦迪逊大学Sündüz Keles研究组近日取得。相关论文2019年11月11日在线发表在《自然—方法学》上。

研究人员介绍,模拟高通量染色质构象(Hi-C)数据的能力是基准测试Hi-C数据分析方法的基础。

研究人员提出了一种名为FreeHi-C的非参数策略,可以从相互作用的基因组片段中模拟Hi-C数据。来自FreeHi-C的数据显示出对生物学Hi-C数据的高保真度。FreeHi-C通过在保留的错误发现率控制下,进行数据增强来提高差异染色质相互作用检测的精度和功能。

附:英文原文

Title: FreeHi-C simulates high-fidelity Hi-C data for benchmarking and data augmentation

Author: Ye Zheng, Sndz Keles

Issue&Volume: 2019-11-11

Abstract: The ability to simulate high-throughput chromatin conformation (Hi-C) data is foundational for benchmarking Hi-C data analysis methods. Here we present a nonparametric strategy named FreeHi-C to simulate Hi-C data from the interacting genome fragments. Data from FreeHi-C exhibit high fidelity to biological Hi-C data. FreeHi-C boosts the precision and power of differential chromatin interaction detection through data augmentation under preserved false discovery rate control.

DOI: 10.1038/s41592-019-0624-3

Source: https://www.nature.com/articles/s41592-019-0624-3

期刊信息

Nature Methods:《自然—方法学》,创刊于2004年。隶属于施普林格·自然出版集团,最新IF:28.467
官方网址:https://www.nature.com/nmeth/
投稿链接:https://mts-nmeth.nature.com/cgi-bin/main.plex