作者:张晴丹 来源:中国科学报 发布时间:2020/6/3 18:04:13
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新方法可大幅降低基因组基因型鉴定成本

 

近日,中国农业科学院深圳农业基因组研究所(以下简称基因组所)开发了新的重测序文库制备方法——“AIO-seq”。该方法简化了文库制备的流程,极大地降低了文库制备的成本,为高通量全基因组重测序在育种中应用扫除了高成本障碍。相关研究成果在线发表于《植物-方法》。

基因组所研究员常玉晓介绍,全基因组基因型鉴定在育种中具有重要的作用。虽然目前基于二代测序的全基因组基因型鉴定在技术层面已经非常成熟,但是其高昂的价格限制了在育种中的广泛应用。育种家普遍期望单个样本的全基因组基因型鉴定的价格能够降低至10美元左右。

围绕这一技术难题,该课题组优化了常规的重测序文库制备方法,将传统方法文库扩增后的文库分选和定量这2个步骤,从“每个样品单独操作”的繁琐流程,优化为“多个样品混合操作”的简化流程。通过简化,可以实现一百多份样品混在一起只进行一次文库的分选和定量,大大降低了重测序文库的建库时间成本和试剂成本。

此外,该方法还结合质量越来越好的国产建库试剂,进一步降低了试剂成本。最终应用新方法AIO-seq,可以将全基因组基因型鉴定的成本降低到育种家期望的10美元,为NGS在育种中的广泛应用扫除了障碍。

文章审稿人高度评价该研究成果,表示AIO-seq方法可以加快科研项目进度,将成为重测序的标准方法,在育种研究特别是植物育种中,有重要的应用价值。

相关论文信息:https://doi.org/10.1186/s13007-020-00615-3

 
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