作者:冯丽妃 来源:中国科学报 发布时间:2020/2/22 17:29:01
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中科院微生物所:数据支撑 助力科技“战疫”

在此次疫情防控攻坚战过程中,2020年春节前一天,采集自湖北武汉一名临床患者的病毒毒株和电子显微镜照片等信息发布后,很快便吸引了媒体的注意力,申请使用相关信息的用户不乏许多英美知名媒体。

这些信息正是来自于当天开通的新型冠状病毒国家科技资源服务系统。“这个系统的特点是把实物资源优势和信息技术能力相结合,加强我国研究成果的开放性。”221日,国家微生物科学数据中心主任马俊才告诉《中国科学报》。

据介绍,目前该系统已在最初的病毒资源和信息基础上增加了多个信息板块。马俊才表示,下一步该系统将在更新现有资源和信息的基础上,增加数据分析和数据挖掘功能等板块,助力防疫攻坚。

优势结合1+1>2

2020年春节前夕,在中科院微生物所的一间会议室,该所马俊才和前来所里的国家疾控中心研究员魏强做了一次“头脑风暴”。讨论的内容是如何结合双方的优势,开发一个支撑新冠病毒研究的系统平台。

马俊才牵头的国家微生物科学数据中心具有信息平台的优势,而魏强带领的国家病原微生物资源库有毒株实物资源。疫情爆发之初,两人就一直在思考和讨论如何更好地为抗击疫情服务。当天讨论后不久,124日,新型冠状病毒国家科技资源服务系统上线了。

这便有了本文开头的那一幕。当天,服务系统开通3小时后,美国CNN就报道了新冠病毒的毒株信息和电镜照片。次日,英国路透社希望获得电镜照片的使用权。随后,新闻联播报道了国家疾控中心通过该服务系统发布毒株的信息

“通过这个平台,不仅能看到中国科学家的研究进展,还能看到中国科研团队的研究成果、毒株等科学数据,说明了我国研究成果的开放性。”马俊才说。

据了解,从124日到24日,在短短十天内,新型冠状病毒国家科技资源服务系统访问量便达到625.7万人次。

不止如此,除了重点发布此次疫情相关的毒株资源及科学数据之外,该系统还综合了病毒检测方法、基因组、科学文献等综合信息,并为应对新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控提供科技资源专题服务。

共享“基因” 助力战“疫”

大疫当前,共享病毒基因组数据成为全球科学家的呼声。这一次,由中科院微生物所主持的国家微生物科学数据中心再度发力。

218日,该中心发布“全球冠状病毒组学数据共享与分析系统”(http://nmdc.cn/#/coronavirus)。目前,该数据库共整合包括此次新冠病毒基因组数据在内的全球冠状病毒基因组3135个,核酸序列32865条,来自于20241个毒株,分离自496个不同宿主类型和568采集地。

“这些病毒序列信息,包括感染人的和不感染人的。我们希望尽可能满足科学家不同的研究的需求。”马俊才比如该所研究员齐建勋通过国家微生物科学数据中心的数据平台,发布2019新型冠状病毒蛋白(S蛋白)受体结合区域(RBD)和人受体ACE2复合物的超高分辨率晶体结构,首次揭示S蛋白如何与受体ACE2在原子层面相互作用,这对于疫苗和抗体研发具有十分重要的意义,对目前基于S蛋白的血清学诊断试剂研发也有指导作用。

据介绍,该系统通过集成冠状病毒基因与全基因组数据,并整合相似性比对、系统进化分析等工具,实现了全球病毒组学数据集成与标准化的分析挖掘流程,有助于科学家快速进行病毒的变异、溯源、进化等研究,促进国内外冠状病毒数据汇集与综合分析及共享。

目前,全球冠状病毒组学数据共享与分析系统中的基因组序列信息,同步也可在新型冠状病毒国家科技资源服务系统查阅。“下一步,我们会汇聚更多的数据,并进一步增加数据信息的分析和挖掘功能。”马俊才说,“我们会跟科学家结合起来,凝练一些应用这些数据的项目。”

 

 
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