作者:张思玮 来源:中国科学报 发布时间:2020/2/19 22:20:57
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疑似病例完成新冠病毒全基因组分析仅需半小时

 

当前,针对新型冠状病毒的主要检测技术有免疫、PCR和高通量测序(NGS)三类,其中免疫和PCR方法是一种定向检测,可以对病毒进行筛查,适合对患者标本中是否存在病毒进行诊断。

高通量测序作为一种全面的基因组检测技术,虽然它可以有效防止病毒变异产生的漏检,但因实验流程耗时长,操作繁琐,尤其是建库环节步骤繁琐,需要多次转管和移液操作,致使其推广应用受到限制。

基于此,杰毅生物、浙江省疾控中心、阿里达摩院医疗AI团队一同联手,研发出中国首台宏基因组全自动建库设备Cubics。据悉,该平台是不同于核酸检测方法的全基因组检测技术,借助AI算法对基因数据的海量分析处理能力,能对疑似病例的病毒样本进行全基因组序列分析比对;同时配备基于自主研发的CNAD技术(CRISPR等温检测法)研制的针对新型冠状病毒的试剂盒。并且,该检测试剂盒不依赖PCR仪器,能快速有效地解决医院单位现场反应需求,实现快速寻找病原,并进行感染诊断。

不过,因全基因组检测技术是对疑似病例的病毒样本进行全基因组序列对比,每次测序过程会产生海量的数据,其前处理和数据分析都非常费时费力。为此,该平台还借助阿里达摩院的AI算法加持,在序列比对过程中,对算法增加了分布式设计。

据了解,与传统新冠肺炎的分析检测,该平台至少能够节省8个小时的分析检测时间,仅需半小时就能将疑似病例完成新冠病毒全基因组分析,可以实现快速精准捕捉变异后的病毒序列,二级结构及三维结构,进而精准检测变异病毒,大幅提高疑似病例的确诊速度。

 
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