作者:唐一尘 来源:中国科学报 发布时间:2017/2/7 9:37:42
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癌症再现项目发布首批结果
大量生物学研究无法复制引人担忧

 

图片来源:Stanley Flegler

今年,美国加州拉荷亚斯坦福伯翰医学研究所(SBP)癌症生物学家Erkki Ruoslahti启动的一个在癌症病人身上开展的药物试验已步入正轨,但该实验目前也许正处于险境。原因是一项雄心勃勃的开放科学计划发布了第一批结论,Ruoslahti不幸登上了黑名单。

这个再现性项目旨在检验重要癌症生物学成果是否可以在独立实验室中再现。近日,该项目指出,对于第一阶段的5篇备受瞩目的癌症研究文章,在严格按照原始研究的实验协议下进行重复性验证后,发现Ruoslahti的研究完全无法重复,而另外4篇结果也不确定。

该项目称,癌症生物学领域中一些高影响力癌症研究文章可重复性非常差。但该项目针对的几乎所有科学家均表示,癌症生物学和其他许多领域一样,经常被证明不能再现,其中的原因包括诸如有问题的试剂、变化无常的生物系统等。

Ruoslahti对这一裁决表示质疑。毕竟,来自美国、欧洲、中国、韩国和日本的至少10个实验室已经验证了他在2010年的一篇论文中的观点,该论文首次报道了一种能够穿透肿瘤和增强其他化疗药物杀死肿瘤能力的肽的药物价值。 “也许在我的实验室里,前后已经有三代博士后都在这个问题上愚弄了自己,难道其他所有人也在犯同样的错误吗?我很难相信。”他说。

弗吉尼亚州夏洛茨维尔市科学开放中心再现性项目负责人Tim Errington指出,实际上,一次无法重复实验结果并不能证明原始结论出错,也不应因此抹黑个人的论文。Errington提到,调查者可以将这些结论作为信息,但不能以此“定罪”。

但Ruoslahti担忧,由于该项目未能再现其研究结果,将对他获得DrugCendR公司资助造成障碍。“肯定会有影响,我只是不知道有多严重。”他说。

这个名为癌症生物领域重复性工程的项目于2013年由科学开放中心与科学实验外包平台联合发起,旨在挑选出2010年至2012年间50篇发表于《科学》《自然》《细胞》等顶级期刊的高影响力的肿瘤生物学相关研究论文,进而验证这些论文的可重复性。

而该项目设立的主要原因是生物技术巨头安进公司的研究人员在试图跟踪几十篇论文发表的新药物的潜在治疗效果时,发现53篇重要癌症论文中有47篇不能被复制出来。但由于这些生物公司和相关实验室签订了保密协议,因而并没有透露他们无法重复实验的相关文章和详细细节。

相比之下,癌症生物领域重复性工程会公布所有结论,因此给Ruoslahti造成了不小的麻烦。但由于资金问题及信息材料获取困难等障碍,论文数目已由50篇减少到29篇。但被挑选的这些论文毫无例外显现出的可重复性非常差,而这5项发表在eLife上的研究只是第一批。

就是这5篇论文为癌症生物领域蒙上了阴影。eLife高级编辑Sean Morrison指出,对Ruoslahti研究的重复完全失败,还有两篇文章产生了无法解释的结果,最后只有两篇能够大致重复出来。

据悉,能重复出来的两篇论文分别是斯坦福计算生物学家Atul Butte实验室的一篇证明溃疡药物西咪替丁可减慢小鼠肺肿瘤的生长的论文,以及一篇指出癌症基因Myc抑制剂BET bromodomains可以延缓小鼠多发性骨髓瘤生长的论文,而该抑制剂也已进入了临床试验。

而产生不确定结果的论文分别是达纳·法伯癌症研究所肿瘤生物学家Levi Garraway团队报告的当PREX2基因突变后会刺激黑色素瘤的生长,和斯坦福大学干细胞生物学家lrving Weissman指出的针对肿瘤细胞表面受体的抗体CD47可以在小鼠中缓解肿瘤生长。

完全失败的Ruoslahti的研究认为肽分子iRGD能帮助化疗药物渗透到前列腺肿瘤细胞中,并可使肿瘤体积缩小。然而重复性研究却发现iRGD在小鼠身上并没有上述作用。

Ruoslahti却认为这是因为重复性研究中采用的是商业性iRGD,且在验证其对肿瘤的效果前并没有验证活性。但Errington回应道,之所以用商业iRGD是因为Ruoslahti拒绝提供文章中使用的iRGD。

无论如何,结果一出,有人对该再现性项目表示欢迎,也有人担心该项目并不公正,而且会影响自己的研究。

“魔鬼藏身于细节之中。” Errington表示,虽然这些结论遭到无数质疑,但最清晰的结果无疑是许多论文包含的研究方法细节过少。重复团队需要花费数小时与原始论文作者沟通,以确定试验条款和试剂。之所以如此耗费时间,部分原因是,这些内容通常由实验室学生和博士后负责,而他们已经离开了这些实验室。

Errington也承认,技术问题阻碍了研究重现工作,但是这些宝贵的数据决定了为什么独立研究人员通常无法复制公开发表的研究结果。“发现弱点可以帮助科学家完善更好的实验设计,更高效率地执行研究。”

无论如何,这5篇文章还仅仅只是这个项目的一个开端。(唐一尘编译)

《中国科学报》 (2017-02-07 第3版 国际)
 
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